De acuerdo a lo dispuesto en el decreto de creación, se integra formalmente el H. Consejo Directivo de la UNAQ, que es el órgano máximo de gobierno de la institución, conformado por el C. Secretario de Educación del Estado, quien se desempeñaría como presidente, el C. Secretario de Planeación y Finanzas, el C. Secretario de la Contraloría y el C. Secretario de Desarrollo Sustentable, dos representantes del Gobierno Federal designados por el C. Secretario de Educación Pública, dos representantes del sector productivo y dos del sector social a invitación expresa del C. Secretario de Educación, quienes sesionan por primera vez en Abril de 2008 y establecen las directrices para el trabajo pre-operativo que permitiría la apertura de la universidad:

• La definición (en conjunto con la industria aeronáutica) de la oferta educativa.
• La elaboración de los planes y programas de estudio, que por primera vez se impartirían en México enfocados en su mayoría a la manufactura de aeronaves.
• La incorporación de la institución a los organismos correspondientes.
• La construcción y habilitación de las instalaciones.
• La adquisición de mobiliario y equipo especializado.
• La conformación de la estructura organizacional inicial.
• La captación de alumnos.

Ese mismo año, la universidad a través de los programas de formación para el trabajo, agregó a sus programas de capacitación la especialidad en Materiales Compuestos, gracias a la oficialización de la llegada de este importante proyecto de tecnología de última generación, anunciado en la Presidencia de la República en Mayo de 2008 por parte del Presidente de Bombardier Aerospace.

El compromiso que este proyecto trajo a la institución repercutió en beneficio de la comunidad queretana y se suma a los otros importantes retos que consolidan el clúster aeronáutico; gracias a él, México incursiona por primera vez en formaciones de última generación y permite ser el único país en el mundo en manufacturar la estructura de los aviones Lear Jet. Para el cumplimiento de este compromiso la UNAQ tuvo que implementar, entre otras cosas:

• El primer centro de entrenamiento educativo de esta tecnología en México.
• Capacitación al personal docente para que se certificara como instructores en materiales compuestos.
• Diseño del programa de capacitación para esta especialización.

Algunos de los beneficios generados por este proyecto fueron:

• Atracción de inversión extranjera.
• Impulsar el desarrollo de nuevos empleos.
• Consolidación del Clúster Aeronáutico en Querétaro.
• Posicionar a México a nivel internacional.

Durante estos dos años de operación del programa se capacitaron 189 personas.